A Assembleia Nacional é composta por uma Comissão Permanente e Comissões Especializadas, podendo ainda constituir Comissões Eventuais e Comissões de Inquérito que tem como missão averiguar os atos do Governo ou da Administração, entre outros, especificamente determinados.
A disposição das Comissões, com exceção da Comissão Permanente, é criada de forma proporcional à representação de cada partido na Assembleia Nacional. A indicação dos seus membros é feita por deliberação da Assembleia Nacional sob proposta do Presidente, ouvida a Conferência dos Representantes dos Grupos Parlamentares. Da mesma forma é também fixado o número de membros de cada Comissão e a sua distribuição pelos diversos partidos.
Em cada Comissão podem ser constituídas quantas subcomissões se mostrarem necessárias, mediante resolução do Plenário da Assembleia Nacional. Porém, a sua composição e o seu âmbito é definido pelas Comissões devendo para efeito de publicação comunicar tal facto ao Presidente da Assembleia Nacional.
A indicação dos Deputados para as Comissões é da responsabilidade dos seus respetivos Grupos Parlamentares ou partidos e deve ser efetuada no prazo estabelecido pelo Presidente.
Cada Comissão tem a sua Mesa, que é formada por um Presidente, um ou mais Vice-Presidentes e um Secretário.
As comissões podem reunir-se, excecionalmente, durante as reuniões plenárias, devendo para o efeito, interromper os trabalhos para que os seus membros possam exercer o direito de voto no Plenário. As reuniões podem realizar-se em qualquer ponto do território nacional. Qualquer Deputado não membro da Comissão reunida, pode assistir e participar nas reuniões, mas sem direito a voto, desde que para tal, tenha comunicado previamente ao seu Presidente. Sobre matérias das suas competências, os Deputados podem, também, enviar às comissões observações escritas.
Os membros do Governo participam nos trabalhos das comissões quando são solicitados pelas mesmas, ou por iniciativa própria. As comissões podem solicitar o depoimento de quaisquer cidadãos, assim como requisitar a presença de quaisquer dirigentes ou funcionários que integram a administração direta, indireta e autónoma dos Estado. As Comissões têm poderes para requerer ou proceder a quaisquer diligências necessárias ao bom exercício das suas funções, tais como: realizar estudos, solicitar informações ou pareceres, solicitar depoimentos de quaisquer cidadãos, efetuar missões de informação ou de estudo e realizar audições parlamentares.
A Assembleia Nacional pode constituir Comissões Eventuais para realização de tarefas específicas que se dissolvem com a conclusão das tarefas objeto da sua criação e apresentação dos respetivos relatórios. A sua criação só pode ser exercida por um mínimo de cinco Deputados, sem prejuízo do disposto, relativo às Comissões de Inquérito que são comissões eventuais que obedecem a um regime específico e que têm como missão vigiar pelo cumprimento da Constituição e das leis da república, assim como apreciar os atos do Governo e da Administração. Para além de obedecerem a regras próprias em matéria de constituição, prazo de duração e funcionamento, as comissões de inquérito gozam de poderes de investigação também, das autoridades judiciais.
São atribuições das Comissões Parlamentares garantir a articulação com as deputações e os Grupos de Amizade, através de reuniões conjuntas periódicas, de apreciação em tempo útil das respetivas agendas e relatórios e garantia de sua participação nas reuniões e atividades específicas.
Não obstante o ponto 1 do artigo 46º atribuir ao Plenário a competência da fixação do número e das designações das Comissões Especializadas, a Comissão de Ética e Transparência quer a sua criação, como a sua composição, competência e funcionamento são regulados por resolução da Assembleia Nacional.
Ao abrigo do artigo 50º do Regimento é criada a Conferência dos Presidentes das Comissões Especializadas, que é presidida pelo Presidente da Assembleia Nacional de entre outras atribuições tem em especial as de participar na coordenação dos aspetos de organização funcional e de apoio técnico às comissões, propor o elenco das Comissões Especializadas, bem como as alterações necessárias nas matérias de competência de cada Comissão, avaliar as condições gerais do processo legislativo, na ótica da boa elaboração das leis e da eficiência dos trabalhos parlamentares, apreciar, no início de cada sessão legislativa, o relatório preparado pelos serviços da Assembleia Nacional, referente à aprovação e entrada em vigor das leis e da consequente regulamentação, incluindo o cumprimento dos respetivos prazos, bem como definir, relativamente às leis aprovadas, aquelas sobre as quais deve recair uma análise qualitativa de avaliação dos conteúdos, dos seus recursos de aplicação e dos seus efeitos práticos.